首先，申请企业所从事的领域必须是深圳市政府重点支持的高新技术领域，具体包括以下领域：
(一)电子信息及软件；
(二)生物工程、医药及医疗器械；
(三)新材料；
(四)光机电一体化及先进制造；
(五)环境保护；
(六)新能源和高效节能；
(七)航空航天；
(八)现代农业；
(九)地球、空间、海洋工程；
(十)核应用；
(十一)利用先进技术、工艺改造提升传统产业；
(十二)为高新技术产业发展提供研发、技术咨询、技术交易、工业设计等服务；
(十三)与上述领域配套的相关技术产品，以及适合深圳经济发展特点的其它高新技术及其产品。
其次，深圳高新技术企业必须经过专项的申请和严格的评审，具体程序如下：
(一)企业网上填报《深圳市高新技术企业认定申请书》。
(二)市民中心办文窗口初审通过后，由市科技主管部门和市财政主管部门委托深圳市科技专家委员会组织专家对申报企业进行评审，提出认定意见。
(三)市科技主管部门和市财政主管部门对评审通过的企业进行会审，会审通过的企业名单进行网上公示，公示期为5个工作日。对公示有异议的，组织相关机构进行调查后给出相应结论。
(四)审批通过后由市科技主管部门和市财政部门颁发《深圳市高新技术企业认定证书》。
再次，深圳市高新技术企业在进行申报和认定时应提供下列材料：
(一)《深圳市高新技术企业认定申请书》。
(二)企业营业执照副本复印件(验原件)或者法人登记证复印件(验原件)、法人机构代码证复印件(验原件)和法定代表人证明书(原件)。
(三)经具有资质的会计师事务所审计的本企业三个会计年度财务审计报告和高新技术企业专项审计报告(原件)(实际年限不足三年的按实际经营年限)，并附国税、地税务部门审核盖章的企业上缴所有税款明细表，其中高新技术企业专项审计报告须由市财政主管部门认可的会计师事务所出具。
专项审计报告应当明确研究开发费用总额占销售收入总额比例、大学专科以上学历或者中级以上职称的科技人员比例、研发人员占企业当年职工总数比例和高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入比例，包括高新技术产品销售收入和技术性收入明细、高新技术产品利税明细、开发经费支出明细(包括研发用仪器购置明细、原材料购置、元器件购置、模具开发费、试验测试费、研发人员工资及费用等)、研发人员名单及学历证明等科目。
(四)知识产权方面有关证明、产品质量检验报告。
(五)属于特殊行业的企业需提供特殊行业许可证或者入网证;对生物医药、医疗器械、通信等有特殊行业管理要求的高新技术产品，申报时必须提交行业规定许可生产、销售的必备文件的复印件;若环境污染的项目需提交环保达标证明。
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