高新技术企业账务的处理，与普通企业基本相同，所不同的是高新技术企业更要做好研发费的归集的账务处理，并做好高新技术产品或服务收入的核算，因为这些是高新技术企业初审与复审必须满足的条件。此外，高新技术企业的所得税适用15%的优惠税率，在计提企业所得税时是需要注意的。
根据财政部《关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》条规定，企业研发费用(即原“技术开发费”)，指企业在产品、技术、材料、工艺、标准的研究、开发的过程当中发生的各项费用，包括：
(一)研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。
(二)企业在职研发人员的工资、奖金、津贴、补贴、社会保险费、住房公积金等人工费用以及外聘研发人员的劳务费用。
(三)用于研发活动的仪器、设备、房屋等固定资产的折旧费或租赁费以及相关固定资产的运行维护、维修等费用。
(四)用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。
(五)用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，设备调整及检验费，样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费等。
(六)研发成果的论证、评审、验收、评估以及知识产权的申请费、注册费、代理费等费用。
(七)通过外包、合作研发等方式，委托其他单位、个人或者与之合作进行研发而支付的费用。
(八)与研发活动直接相关的其他费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等。
根据上述规定，企业研究过程中发生的研究开发费用，不需扣除研发过程中销售研发样品形成的收入。该样品对应的成本，属于上述规定范围的，可直接作为研发支出。企业的研发支出应区分为研究阶段支出与开发阶段支出。研究阶段支出直接计入当期损益;开发阶段支出满足条件的应资本化，否则费用化处理。
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