申请人对驳回决定不服时，可以向日本特许厅的审判部请求专利复审。专利复审的审理由审判员合议组来进行。合议组由三名或五名审判员组成。与中国的复审委员会不同的是，在请求人通过修改或意见陈述消除了原申请的驳回理由时，可以由审判部直接做出授予专利权的决定。如果审查的结果是未消除驳回理由、无法授予专利权，则做出维持驳回该申请的决定。
请求人在提出复审请求的请求日30日之内进行了修改的情况下，在复审之前，会由原来审查该申请的审查员对修改后的文件进行再次审查（即前置审查）。在前置审查中，如果审查员认为修改后的文件符合特许法的规定，也可以对修改后的申请授予专利权。
为了强化专利权的稳定性，根据2014年5月14日公布的修改后的特许法，日本又重新设立了发明专利异议请求制度。即在专利公报之日起六个月内，任何人均可向特许厅长官提出专利异议请求。对于专利异议请求的审理是采用书面审理的形式，当特许厅长官要做出专利权撤销决定时，应给予专利权人和参加人（为辅助专利权人参加专利异议审理的人员）提交意见书的机会，专利权人也可以修改权利要求以缩小保护范围。此外，当专利权人提出了对权利要求进行订正的请求时，应给予异议请求人提交意见书的机会。
特许厅最终做出是否撤销专利权的决定。一旦专利权被撤销，则被视为自始不存在。异议请求人对维持专利权有效的结果不服的，可以提起无效审判请求。
三、无效审判请求
由于在特许法中设定了上述专利异议请求制度，修改后的特许法针对无效请求的相关法律规定也进行了修改。即，如果授权后的发明专利权存在无效理由，则利害关系人可向审判部请求无效审判，而不是任何人均可提出无效审判请求。这里，利害关系人是指，因该专利权的存在，与该权利相关的法律上的地位受到影响或有可能受到影响者。例如，正在实施该发明或者具有实施该发明的可能性的人或单位。因为专利权的效力会涉及一般公众，任何人的权利都会有可能受到专利权的直接影响。因此，在实务中并不严格解释是否会直接影响其法律地位，只要是同行业人士就认为是利害关系人。
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