软件申请专利与软件申请著作权登记，虽然都是知识产权的保护，却是两种不同的形式。这两种方式而言，区别是还是不小的。对于申请人来说，一般这两种形式的保护都是可以接受的，但他们最关注的往往是通过这些形式他们可以获得什么样的效果。
简单来讲，软件著作权在软件创作完成后即可获得，就是常说的进行软著登记，以起到类似公证的作用。软件专利则不同。其一，专利必须向专利局提出申请才能获得。其二，软件专利申请描述的是软件的构思。
从上面就可以看出，著作权可以使你在别人对你的软件盗版时，采取保护措施，防止别人盗版。然而对于你的竞争对手来讲，他们跟你一样也是软件开发者，他们可以研究你的软件，理解你的思路，按照你的思路完全可以编出相同效果的软件，而且也不会侵犯你的著作权。这个时候，你软件中最核心的东西，即软件的构思，著作权是无法保护到的。
而软件专利则不同，其是以技术方案的形式申请的，就是你软件流程图的内容。授权后，保护的是软件的构思，他人采用该构思，就可能构成侵权。因此软件专利的保护力度比软件著作权要大的多，能保护软件最核心的东西。
软件著作权与软件专利有什么不同？
另外，二者所采用的法律依据也不一样。软件的著作权保护依据是《著作权法》和《计算机软件保护条例》，软件的专利权保护依据是《专利法》。当然了，不是说软件专利保护力度大，就采取软件专利保护，其也有其自身的缺点。申请专利，专利的技术资料就需要公开，专利权的维持也需每年缴纳年费，专利申请审查周期是2-3年，而软件市场的周期较短。综合上面所述，可以简单总结软件著作权和软件专利的区别主要有以下几个方面：
1、著作权保护的是内容不被抄袭，专利保护的是方法不被盗用。
2、著作权在作品完成即可受保护，专利必须通过申请审核后才能受到保护。
3、软件都受版权保护，但是只有有创造性、新颖性、实用性的软件技术才能申请专利。
4、高新企业认定及相关政府项目软件著作权也是认可的，且可加急办理，相对于专利的长周期性，著作权在这方面具有一定的优势的。
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