审查员在进行专利的初步审查时，如果发现专利申请文件中存在不可能通过补正方式克服的明显实质性缺陷的，应当发出审查意见通知书。其中，审查意见通知书除了有收件人信息、著录项目外，还应当包括如下内容：
（一）指出审查意见通知书所针对的是申请人何时提交的何种文件；
（二）明确具体地指出申请文件中存在的缺陷，并指出其不符合专利法及其实施细则的有关条款，对申请文件存在的明显实质性缺陷的事实，必要时还应结合有关证据进行分析；
（三）说明审查员将根据专利法及其实施细则的有关规定准备驳回专利申请的倾向性意见；
（四）指定申请人答复审查意见通知书的期限。
申请人在收到国务院专利行政部门发出的审查意见通知书后，应当在指定的期限内陈述意见。申请人应当针对审查意见通知书指出的缺陷对申请文件进行修改，且修改的内容不得超出申请日提交的说明书和权利要求书记载的范围。
申请人期满未答复的，审查员应当根据情况发出视为撤回通知书或者其他通知书。申请人因正当理由难以在指定的期限内作出答复的，可以提出延长期限请求。可以请求延长期限仅限于指定的期限。 请求延长期限的，应当在期限届满前提交延长期限请求书，说明理由，并缴纳延长期限请求费。延长的期限不得超过两个月。对同一通知或者决定中指定的期限一般只允许延长一次。
对于因不可抗拒事由或者因其他正当理由耽误期限而导致专利申请被视为撤回的，申请人可以自障碍消除之日起2个月内，最迟自期限届满之日起2年内，可以向国务院专利行政部门请求恢复权利。
申请文件存在明显实质性缺陷，在审查员发出审查意见通知书后，经申请人陈述意见或者修改后仍然没有消除的，或者申请文件存在形式缺陷，审查员针对该缺陷已发出过两次补正通知书，经申请人陈述意见或者补正后仍然没有消除的，审查员可以作出驳回决定。
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