一、进行保密专利申请
《专利法》第四条规定：“申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。”另外，根据《专利实施细则》第七条的规定，专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查；国务院专利行政部门受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利机构进行审查。国务院专利行政部门认为其受理的发明或者实用新型专利申请涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的，应当及时作出按照保密专利申请处理的决定，并通知申请人。
（一）专利申请人主动提出的保密请求
申请人认为其发明或者实用新型专利申请涉及国家安全或者重大利益需要保密的，应当在提出专利申请的同时，在请求书上作出要求保密的表示，其申请文件应当以纸件形式提交。申请人也可以在发明专利申请进入公布准备之前，或者实用新型专利进入授权公告准备之前，提出保密请求。申请人在提出保密确定之前已确定其申请的内容涉及国家安全或者重大利益需要保密的，应当提交有关部门确定密级的相关文件。
专利局在收到专利申请人提出的保密请求后，会根据保密基准对专利申请进行审查，并根据不同的情况确定是否需要保密。专利申请的内容涉及国防利益，且需要保密的，审查员将及时移交国防专利局进行审查，并向申请人发出专利申请移交国防专利局通知书；发明或者实用新型内容涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益，且需要保密的，审查员将通知申请人该专利申请予以保密，并按照保密专利申请处理。经审查，不需要保密的，通知申请人该专利申请不予保密，按照一般专利申请处理。
（二）专利局自行进行的保密确定
分类审查员在对发明或实用新型专利申请进行分类时，发现发明内容可能涉及国家安全或者重大利益，但申请人未提出保密请求的，分类审查员应当将其挑选处理，并参照上述规定对上述专利申请进行保密确定。对于已确定为保密专利申请的电子申请，如果涉及国家安全或者重大利益需要保密，审查员应当将该专利申请转为纸件形式继续审查并通知申请人。
（三）向外国申请专利的保密审查
根据《专利法》第二十一条款的规定，任何单位或者个人将在中国完成的发明或者实用新型向外国申请专利的，应当事先报经国务院专利行政部门进行保密审查。违反该规定向外国申请专利的发明或者实用新型，在中国申请专利的，不授予专利权。
根据《专利法实施细则》第八条的规定，任何单位或者个人将在中国完成的发明或者实用新型向外国申请专利的，应当按照下列方式之一请求国务院专利行政部门进行保密审查：
1.直接向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请的，应当事先向国务院专利行政部门提出请求，并详细说明其技术方案；
2.向国务院专利行政部门申请专利后拟向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请的，应当在向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请前向国务院专利行政部门提出请求。
向国务院专利行政部门提交专利国际申请的，视为同时提出了保密审查请求。
二、与专利代理机构签订保密协议
申请人委托专利代理机构进行专利申请的，应当签订保密协议。协议生效后，受委托方对在受委托事项中所知悉的有关技术秘密或商业秘密应当履行保密的义务。
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