在我国，申请国防专利有两种途径：一是向专利局提交专利申请，并提出保密请求，再由国防专利局进行保密确定；二是直接向国防专利局提交申请，并附送有关部门确定密级的相关文件。
申请人直接向国防专利局提交申请的，首先应当按照国防专利局规定的要求统一格式撰写申请文件，且申请文件应当以纸质文件提交。申请人应当向国防专利局提交请求书、说明书及其摘要、权利要求书等文件，并亲自送交。
申请人需要委托专利代理机构申请国防专利和办理其他国防专利事务的，应当委托国防专利机构指定的专利代理机构办理。申请人必须经过保密方式向代理机构传递申请文件。国防专利代理机构应当指定有国防专利代理资质的代理人亲自去国防专利局送交。另外，国防专利代理机构及其工作人员对在办理国防专利申请和其他国防专利事务过程中知悉的国家秘密，负有保密义务。
国际知识产权局在《涉及国防专利申请事务的专利代理机构公告》（即第84号公告）中公布了经中国人民解放军总装备部国防专利局指定的34家机构成为办理涉及国防专利申请事务的专利代理机构。
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